Lymphomas: Molecular and Genetic: Molecular Profiling and Targets in Aggressive Lymphomas
Die bearbeiteten Zusammenfassungen von Oncoletter basieren auf den Angaben in den Abstracts
- 229 Pathogenesis and Clinical Relevance of Diffuse Large B-Cell Lymphoma Proteogenotypes
- 230 Exploiting TCF3-Driven Oncogenic Circuits in Burkitt Lymphoma
- 231 Biological and Prognostic Subgroups of Plasmablastic Lymphoma Defined By EBV Status and MYCRearrangement– an L.L.M.P.P. Study
- 232 Intrinsic Tumor Drivers and Immune Escape Mechanisms in CD19 CAR T-Cell Therapy Resistance for Aggressive Large B Cell Lymphoma
- 233 CDK9 Is a Vulnerability in GATA-3 Driven and MCL-1 Independent T-Cell Lymphomas
- 234 A Single-Cell Atlas of Classical Mantle Cell Lymphoma Reveals Paired Tumor-Immune Malignant States Correlating with Prognosis
Julius C. Enssle, Björn Häupl, Arber Qoku, et al.
229 Pathogenese und klinische Relevanz der Proteogenotypen des diffusen großzelligen B-Zell-Lymphoms
Studie bietet einen integrierten Rahmen zur Erklärung der Krankheitsheterogenität und für innovative diagnostische und therapeutische Ansätze
Diffuse großzellige B-Zell-Lymphome (DLBCL) sind laut den Studienautoren genetisch und klinisch vielfältig. Trotz Fortschritten in der Forschung bleibt die Pathophysiologie von Hochrisiko-DLBCLs unklar. Die proteogenomische Analyse von 438 Patientenproben beleuchtet die Krankheit, identifiziert neue Hochrisikomerkmale und entwickelt diagnostische sowie therapeutische Ansätze.
Durch die Kombination von genetischen, transkriptomischen und quantitativen Proteomdaten haben die Autoren sieben DLBCL-Proteogenotypen (PG) entdeckt, die spezifische pathophysiologische Muster zeigen. PG4 ist ein Hochrisiko-Tumor mit schlechterem Überleben unter R-CHOP-Therapie und ist unabhängig von bekannten Risikofaktoren. Dieser Typ weist einen Dark-Zone-B-Zell-Phänotyp und erhöhte BCR- sowie MYC-Aktivität auf. Einzelzell-RNA- und ATAC-Sequenzierungen bestätigten diese Merkmale und zeigten T-Zell-Depletion und Erschöpfung des CD8-T-Zell-Gedächtniskompartiments. Wichtig ist, dass PG4 auch subklonal nachgewiesen wurde, was intratumorale Heterogenität bestätigt.
Fazit
Die Studie bietet laut den Studienautoren einen integrierten Rahmen zur Erklärung der Krankheitsheterogenität und für innovative diagnostische und therapeutische Ansätze.
Jens Löber, Nazli Serin, Salaheddine Ali, et al.
230 Ausnutzung von TCF3-gesteuerten onkogenen Kreisläufen beim Burkitt-Lymphom
Studie zeigt, dass Inhibitoren der BCR-Signalübertragung und Anti-CD38-Antikörper potenzielle therapeutische Ziele bei BL sind
Das Burkitt-Lymphom (BL) ist laut den Studienautoren ein aggressives B-Zell-Lymphom, das von transformierten B-Zellen aus der Dunkelzone des Keimzentrums stammt. Es wird mit Polychemotherapie und Rituximab behandelt, aber ältere Patienten oder solche mit rezidivierender Erkrankung benötigen neue Therapieoptionen.
BL zeichnet sich genetisch durch die t(8;14)-Translokation und oft TCF3-Mutationen aus. Diese sind derzeit nicht behandelbar, daher wurde versucht, E2A-assoziierte onkogene Schaltkreise zu identifizieren.
Chromatin-Immunpräzipitations-Sequenzierungen (ChIP-Seq) in BL-Zelllinien zeigten eine häufige Bindung von E2A an BCR-Signalkaskadenkomponenten. Der PI3Kα/δ-Inhibitor Copanlisib erwies sich als wirksam gegen BL-Zelllinien mit funktionellem BCR.
CDP38 wurde auch als Zielstruktur identifiziert. BL zeigte die höchste CD38-Expression unter 1400 Krebszelllinien. Duale Luciferase-Reporterkonstrukte bestätigten, dass CD38 durch E2A aktiviert wird. Eine Kombination der mAbs Rituximab und Daratumumab reduzierte signifikant das Tumorwachstum in Mäusen.
Fazit
Die Studie zeigt laut den Studienautoren , dass Inhibitoren der BCR-Signalübertragung und Anti-CD38-Antikörper potenzielle therapeutische Ziele bei BL sind und weitere klinische Tests rechtfertigen.
Jasper Chun Hei Wong, Fabian Frontzek, Andrew Lytle, et al
231 Biologische und prognostische Untergruppen des plasmablastischen Lymphoms, definiert durch EBV-Status und MYCRearrangement - eine L.L.M.P.P.-Studie
Neue Population von SPP1 und CD44 exprimierenden malignen Zellen in EBV+ Tumoren
Das plasmablastische Lymphom (PBL) ist laut den Studienautoren ein seltenes, aggressives Lymphom. Es tritt häufiger bei HIV-positiven Patienten auf und ist oft mit Epstein-Barr-Virus (EBV) und MYC-Rearrangements verbunden. PBL zeigt Marker wie CD138 und MUM1/IRF4 und verliert B-Zell-Marker wie CD20.
Studiendesign
Die Autoren analysierten 176 Exome und Genome sowie 65 Transkriptome und 37 Einzelzell-Transkriptom-Profile. Somatische Mutationen wurden durch vier Varianten-Caller identifiziert. Salmon und DESeq2 halfen bei der Identifikation differenziell exprimierter Gene.
Ergebnisse
- 63 % der PBL-Fälle waren EBV-positiv. Verschiedene Gene zeigten Mutationen: STAT3 in 55 % der EBV+/MYC+ PBLs, NOTCH1 in 19 % der EBV+/MYC-, MYC in 24 % und TP53 in 40 % der EBV-/MYC+ Tumoren, TET2 in 38 % und KRAS in 25 % der EBV-/MYC- PBLs.
- EBV-/MYC+-Tumoren hatten schlechtere Ergebnisse mit einem 2-Jahres-Gesamtüberleben von 22 %. Wiederkehrende Mutationen betrafen JAK-STAT und RAS-RAF-Signalwege. PBL zeigte eine Resistenz gegen Ibrutinib und andere Inhibitoren.
- In-situ-Transkriptomdaten zeigten eine spärliche Tumormikroumgebung. EBV+/MYC+-Tumoren hatten mehr Immunzellen als EBV-/MYC--Tumoren.
Fazit
Hier stellen die Autoren neue Untergruppen von PBL mit einzigartiger Biologie und klinischen Ergebnissen vor. Sie zeigen, dass PBL nicht auf B-Zell-Rezeptor-Signalen beruhen, sondern auf potenziell angreifbaren Schwachstellen in der JAK-STAT-, NOTCH- und RAS-RAF-Signalgebung in Abhängigkeit von EBV-Positivität und MYC-Rearrangement-Status. Schließlich geben die Autoren Einblick in das TME von PBL und zeigen eine neue Population von SPP1 und CD44 exprimierenden malignen Zellen in EBV+ Tumoren.
Bachisio Ziccheddu, Michael D. Jain, Monika Chojnacka, et al.
232 Intrinsische Tumortreiber und Immun-Escape-Mechanismen bei Resistenz gegen CD19 CAR T-Zell-Therapie bei aggressivem großzelligem B-Zell-Lymphom
Ergebnisse zeigen wie genomische Instabilität die Resistenz gegen CAR19 fördert
CD19-gerichtete chimäre Antigenrezeptor-T-Zellen (CAR-19) haben die Behandlungsergebnisse bei LBCL verbessert, jedoch versagt die Therapie bei vielen Patienten. Frühere Studien identifizierten genomische Komplexität als einen Faktor für Therapieversagen, aber die Mechanismen sind unbekannt.
Studiendesign
- Um dies zu untersuchen, analysierten die Autoren 61 WGS- und 54 RNA-Sequenzierungsproben von 54 LBCL-Patienten, die CAR-19-Therapie erhielten, darunter Proben vor Beginn der Behandlung, beim Rückfall und an verschiedenen anatomischen Stellen.
Ergebnisse
- Phylgenetische Analysen zeigten minimale Unterschiede bei Rückfällen innerhalb eines Jahres, was auf räumliche Heterogenität hinweist. Die Autoren identifizierten neue genomische Treibergene, die i) die Immun-Synapse und ii) den CD19-Signalweg beeinflussen. Ein monoallelischer Verlust der HLA-Klasse I zeigte keinen Einfluss auf das PFS, während ein biallelischer Verlust bei allen 10 betroffenen Patienten zur Progression führte (p=0,0056).
- Die Autoren fanden auch somatische Ereignisse in Genen, die Tumor-NK-Zell-Interaktionen regulieren, mit LOF-Veränderungen in CD58, CD48, MICA, PVR, SPPL3 und TNFSF9 sowie GOF-Veränderungen in MUC1, GMDS und CD44. Veränderungen in diesen Genen traten bei 8 von 10 Progressionspatienten auf, was zeigt, dass der Verlust sowohl angeborener als auch adaptiver Abwehrmechanismen wichtig ist.
- Bei der Untersuchung von Genen, die die CD19-Expression steuern, stellten die Autoren fest, dass LOF-Veränderungen in ETV6 (p=0,0026), PAX5 und EBF1 (85 % Progression nach CAR-19) sowie RHOA (p=0,0008) mit Refraktärität und kürzerem PFS verbunden waren.
- Die Ergebnisse zeigen, dass das Vorhandensein von mindestens zwei Veränderungen in den Gruppen "Immune-Escape-Mechanismus" und "CD19 Tumortreiber" mit einem kürzeren PFS (p<0,0001) korreliert und 88 % dieser Patienten innerhalb der ersten 6 Monate eine Progression erlebten.
Fazit
Diese Ergebnisse zeigen laut den Studienautoren, wie genomische Instabilität die Resistenz gegen CAR19 fördert, indem sie die Auswahl von genomischen Veränderungen ermöglicht, die die kritische Beziehung zwischen der Aktivität der CAR19-Zellen, dem Immunsystem und der Immunogenität der Tumorzellen beeinflussen.
Chenguang Wang, Suhaib Abdelrahman, Xiangrong Geng, et al.
233 CDK9 ist eine Schwachstelle in GATA-3-gesteuerten und MCL-1-unabhängigen T-Zell-Lymphomen
Hemmung von CDK9 durch die Beeinträchtigung der Expression des GATA-3-abhängigen Transkriptoms eine attraktive therapeutische Strategie für GATA-3-getriebene TCL
GATA-3 ist laut den Studienautoren ein Proto-Onkogen in bestimmten reifen T-Zell-Lymphomen (TCL). CDK9 reguliert die Transkription durch Phosphorylierung der pausierten RNA-Polymerase II. Die Autoren untersuchten die Rolle von CDK9 bei der Kontrolle von GATA-3 und seinen Zielgenen.
Studiendesign
- Mit dem CDK9-Inhibitor AZD4573 identifizierten die Autoren CDK9-abhängige Transkripte. RNAPII ChIP-seq bestimmte das Verhältnis von RNAPII am Promotor und im Genkörper. BH3-Profiling bewertete die MCL-1-Abhängigkeit. Ex-vivo- und In-vivo-Studien mit TCL-Proben, GEM- und PDX-Modellen untersuchten CDK9-Hemmung.
Ergebnisse
- Durch Deletion von SMARCB1, PTEN und/oder TP53 schufen die Autoren GEM-Modelle, die genetische Merkmale von GATA-3-getriebenen TCL nachbilden.
- CDK9-Hemmung verlangsamte das Fortschreiten von TCL und verlängerte das Überleben signifikant.
- RNAPII ChIP-seq und RNA-seq in MCL-1-unabhängigen Zelllinien und Patientenproben identifizierten CDK9-abhängige Gene, darunter GATA-3.
- Die Mehrheit der GATA-3-Zielgene war ebenfalls CDK9-abhängig.
- Co-Immunopräzipitationsstudien zeigten, dass GATA-3 mit CDK9 und Cyclin T1 interagiert.
- CRISPR/Cas9-vermittelte GATA-3-Knockout-Studien bestätigten, dass CDK9-, RNAPII- und pRNAPII-Bindungsdichte bei GATA-3-Mangel reduziert und bei erneuter Expression wiederhergestellt wird.
Fazit
Insgesamt zeigen die Ergebnisse der Autoren, dass die GATA-3-Transkription von CDK9 abhängig ist. Folglich beeinträchtigte die Hemmung von CDK9 das TCL-Wachstum in GATA-3-gesteuerten (und MCL-1-unabhängigen) Zellen. Außerdem sind CDK9 und GATA-3 Bindungspartner, und eine CDK9-Hemmung beeinträchtigte die Transkription des GATA-3-abhängigen Transkriptoms erheblich. Daher ist die Hemmung von CDK9 durch die Beeinträchtigung der Expression des GATA-3-abhängigen Transkriptoms laut den Studienautoren eine attraktive therapeutische Strategie für GATA-3-getriebene TCL, von denen viele weitgehend resistent gegen herkömmliche chemotherapeutische Ansätze sind.
Amira Marouf, Sneha Mitra, Irem Isgor, et al.
234 Ein Einzelzell-Atlas des klassischen Mantelzell-Lymphoms offenbart gepaarte Tumor-Immun-Zustände, die mit der Prognose korrelieren
Vorliegende Daten könnten bei der Vorhersage des Ansprechens auf neue therapeutische Wirkstoffe nützlich sein
Das Mantelzell-Lymphom (MCL) ist laut den Studienautoren ein aggressiver Subtyp des B-Zell-Non-Hodgkin-Lymphoms mit klinischer, pathologischer und genetischer Vielfalt. Die Remissionsdauer nach der Erstlinientherapie ist ein wichtiger Prognosefaktor. Frühe Progression (innerhalb von zwei Jahren, POD24) verschlechtert die Überlebenschancen. Wegen der hohen genomischen Instabilität ist die molekulare Stratifizierung von MCL eine Herausforderung. Immunbasierte Therapien betonen die Bedeutung der tumorbezogenen Mikroumgebung.
Diese Studie nutzt Einzelzelltechnologien, um MCL-Zellzustände und ihre Auswirkungen auf die Anti-Tumor-Immunüberwachung und klinische Ergebnisse zu analysieren.
Studiendesign
- Die Autoren untersuchten 64 Proben von 30 MCL-Patienten zur Diagnosezeit (n=41) und bei Rezidiv (n=20). Maligne B-Zellen wurden durch Cyclin D1 und kanonische B-Zell-Marker identifiziert.
- Großflächige Kopienzahlvariationen (CNVs) wurden mittels inferCNV abgeleitet, um zwischen malignen und nicht-malignen B-Zellen zu unterscheiden.
- Genexpressionsprofile wurden erstellt und intratumorale T-Zellen anhand eines Referenz-Gensatzes (Roider, 2024) in Subcluster eingeteilt.
Ergebnisse
- In der Kohorte (Durchschnittsalter: 64 Jahre) lag der Ki67-Wert bei 37 % (n=11) ≥50 %, TP53-Veränderungen bei 33 % (n=8) und blastoide Morphologie bei 16 % (n=5).
- Nach Qualitätskontrolle analysierten die Autoren 106.650 Zellen, darunter 39.212 maligne und 5.152 normale B-Zellen.
- „Naive“ und „gedächtnisähnliche“ Zustände wurden bei beiden Zelltypen gefunden, „proliferierende“ nur bei malignen.
- „Naiv-ähnliche“ maligne Zellen wiesen klonale Expansion und Dysregulation von prognostisch negativen Genmodulen auf.
- Patienten konnten anhand der Dominanz von „naiven“ (M1) oder „gedächtnisähnlichen“ (M2) Zellen stratifiziert werden; M1-Profile korrelierten mit höheren POD24-Raten. T-Zell-Analysen zeigten reduzierte CD8+ T-Zellen bei M1-Profilen.
- Um diese Hypothese weiter zu erforschen, nutzen die Autoren VisiumHD zur räumlichen Einzelzell-Transkriptomanalyse, um die Verteilung bösartiger Zelltypen und die interzelluläre Kommunikation zu bewerten.
Fazit
Diese Arbeit identifiziert laut den Studienautoren verschiedene bösartige B-Zell-Zustände mit potenzieller biologischer und therapeutischer Relevanz bei MCL. Diese Daten könnten bei der Vorhersage des Ansprechens auf neue therapeutische Wirkstoffe nützlich sein, die derzeit bei MCL klinisch geprüft werden, einschließlich solcher, von denen bekannt ist, dass sie die Immunreaktionen des Wirts ausnutzen, um eine dauerhafte Remission zu fördern.